1941 : Promulgation de la Charte du travail interdisant les grèves et le lock-out le 4 octobre. Dès l'hiver 40/41, parution des premiers journaux clandestins. Développement des « comités populaires » qui organisent les premières luttes revendicatives. Du 26 mai au 9 juin a lieu la grève des mineurs du Nord et du Pas-de-Calais. Intervention des Allemands : 327 arrestations. En octobre : exécution par les Allemands de 88 otages composés majoritairement de militants CGT exclus, dont les 27 de Châteaubriant.

1942 : Rencontre entre Léon Jouhaux et Benoît Frachon à Cahors. Jouhaux est arrêté peu après et déporté en Allemagne.

1943 : Les accords du Perreux, signés le 17 avril par Robert Bothereau et Louis Saillant pour les « ex-confédérés » ; Henri Raynaud et André Tollet pour les « ex-unitaires », reconstituent la CGT. La CGT réunifiée participe à la constitution du conseil national de la Résistance (CNR) qui a lieu le 27 mai.

1944 : Publication le 15 mars du Programme du CNR (définissant les nationalisations, la Sécurité sociale et les comités d'entreprises)où la CGT est représentée par Louis Saillant. Le 10 août, la Grève des Cheminots de la Région Parisienne se déclenche et s'étend à tous les services publics. Le 15 août, la police parisienne entre dans la grève. Le 18 août, la CGT clandestine appelle à la grève générale pour la Libération. Le lendemain c'est le déclenchement de l'insurrection parisienne, qui prendra fin avec la Libération de Paris le 25 août et l'arrivée du Général de Gaulle. Le 26 août, la CGT s'installe au grand jour dans ses locaux du 213 rue Lafayette : c'est la fin de la clandestinité avec une première réunion de son bureau. Le 8 septembre, son journal « La Vie Ouvrière » qui avait paru sous forme de tract pendant l'occupation, reparaît au grand jour. Création de la Confédération générale des cadres (CGC).

1945 : Début des nationalisations, création des comités d'entreprise et mise en place de la Sécurité sociale.Création de la Fédération syndicale mondiale (FSM) à laquelle adhère la CGT.

1946 : Du 8 au 12 avril a lieu le 26^e congrès de la CGT à Paris, qui voit une nette domination des "unitaires" (proches du PCF). Elle revendique le chiffre de 5  millions et demi d'adhérents. Le rapport de Benoît Frachon est adopté par 84,4% des voix. 5 octobre, promulgation du Statut Général des Fonctionnaires par le ministre Maurice Thorez. Début de la Guerre d'Indochine]] (19 novembre 1946). Pendant toute la durée du conflit, la CGT organise des manifestations de solidarité à l'égard du peuple vietnamien et en faveur de la paix.

1947 : La CGT obtient 59% des voix lors des premières élection à la Sécurité Sociale, mais la CFTC enregistre un percée avec 26% des voix. 1^er Mai, grandes manifestations pour les revendications à l'appel de la CGT. Le 5 mai, éviction des ministres communistes du gouvernement. En juin, grèves chez Citroën, à la SNCF, dans les banques, dans les grands magasins. Le premier ministre Ramadier parle de « chef d'orchestre clandestin ». En juillet, grèves à EDF, puis chez Peugeot, Berliet, Michelin. Le 1^er août, accord CGT / CNPF pour une augmentation de 11% dénoncé par le gouvernement.

Les 13 et 14 novembre la division s'accentue au Comité Confédéral National (CCN) de la CGT entre la majorité et la minorité à propos du Plan Marshall et des mouvements de grève. La majorité, fidèle à Moscou, refuse le plan Marshall. Le 19 décembre, c'est la scission et la création par les minoritaires (qui refusent la soumission au PC) de la confédération «CGT-Force Ouvrière» (FO). FO tiendra son congrès constitutif en avril 1948 emportant environ 300 000 adhérents, soit une nette minorité.